Phần mềm là chỗ chủ đầu tư và người vận hành thật sự tiếp xúc với hệ thống. Bảo Linh phát triển toàn bộ phần này trong nước, nên sửa được theo yêu cầu của từng công trình thay vì phải chấp nhận đúng những gì hãng nước ngoài đóng gói sẵn.
Các phần mềm giám sát trung tâm dùng chung một nền tảng: cài trên cùng máy chủ, cùng cơ sở dữ liệu, người vận hành chỉ cần một tài khoản. Bên cạnh đó là các công cụ phần mềm chuyên dụng hỗ trợ kỹ sư hiện trường cài đặt, cấu hình và chẩn đoán lỗi.